依照和《医疗事故处理条例》同日起实施的配套文件《医疗事故技术鉴定暂行办法》规定，由医疗事故争议双方当事人协商解决医疗事故争议。需要进行技术鉴定的，应共同书面委托医疗机构所在地负责首次鉴定工作的医学会进行鉴定。
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县级以上地方人民政府卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者医疗事故争议当事人要求处理医疗事故争议的申请后，对需要进行技术鉴定的医疗事故，应当书面移交负责首次鉴定工作的医学会组织鉴定。
协商解决医疗事故争议涉及多个医疗机构的，应当由涉及的所有医疗机构与患者共同委托其中任何一所医疗机构所在地负责组织首次鉴定工作的医学会进行鉴定;医疗事故争议涉及多个医疗机构，当事人申请卫生行政部门处理的，只可以向其中一所医疗机构所在地卫生行政部门提出处理申请。
有以下六种情况之一的医疗事故，医学会不予受理技术鉴定：
1、当事人一方直接向医学会提出鉴定申请的;
2、医疗事故争议涉及多个医疗机构，其中一所医疗机构所在地的医学会已经受理的;
3、医疗事故争议已经人民法院调解达成协议或判决的;
4、当事人已向人民法院提起民事诉讼的(司法机关委托的除外);
5、非法行医造成患者身体健康损害的;
6、卫生部规定的其他情形。
《医疗事故处理条例》规定，设区的市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县(市)地方医学会负责组织首次医疗事故技术鉴定工作， 省、自治区、直辖市地方医学会负责组织再次鉴定工作，必要时，中华医学会可以组织疑难、复杂并在全国有重大影响的医疗事故争议的技术鉴定工作。
医疗事故争议双方当事人都同意做鉴定时，可直接由医学会组织专家做医疗事故技术鉴定;当事人有一方不同意的，要求鉴定的一方可通过卫生行政部门 (一般是卫生局医政处)要求医疗事故技术鉴定，医政处审核后认为需要做鉴定的就移交医学会;另外，法院可直接将案件中涉及的医疗事故争议委托医学会鉴定。
申请医疗事故争议鉴定的，在受理之日起，5日内会通知双方当事人提交有关材料，材料收齐后45日内组织鉴定，并出具医疗事故技术鉴定书。对首次医疗事故技术鉴定结论不服的，可以自收到鉴定书之日起15日内，向原受理医疗事故争议处理申请的卫生行政部门提出再次鉴定的申请，或由双方当事人共同委托省医学会组织再次鉴定。
医疗事故技术鉴定申请时限。 卫生部规定，提请医疗事故鉴定的时效为一年。
这个决定是国家卫生部对浙江省卫生厅关于要求明确申请医疗事件鉴定期限的请示批复而做出的。以前虽然早有医疗事故鉴定方面的条例，但没有在申请时效上做具体规定，可以说批复的实施对全国医疗卫生系统及群众都有意义。因为在规定实施前有很多群众把多年以前认为是医疗事故的情况向有关部门提出申请，虽然从侧面反映出人民群众法律意识增强，但是却给医疗事故鉴定部门带来了难度，如：由于天长日久有关的原始凭证已部分损毁或遗失等。现在卫生部有了明确医疗事故鉴定申请期限后，双方不会再出现扯皮现象。
为了尽快解决医患双方的争议，使社会关系趋于稳定，患者或其家属应当自其知道或应当知道其身体健康受到损害之日起一年内提出医疗事故技术鉴定的申请。此与我国民法通则规定的人身伤害赔偿案件的诉讼时效是相吻合的。 时效为一年，自知道或者应当知道损害结果发生后一年。如患者死亡的，为死亡后一年内应当提出鉴定申请; 如损害结果在多年后发现，自发现后起算一年，但超过20年的法院将不保护，鉴定亦没有实质意义。
